（1）窃取电子标签数据。电子标签可能含有企业关键信息或个人隐私信息，比如产品的生产批次、生产数量、个人身份、购物习惯等，如果这些电子标签被盗，意味着企业内部信息或个人隐私信息被泄露。为了防止数据的被窃，可采用以下两种方法：（1）数据加密。（2）电子标签不存敏感数据，只存无特殊意义的ID信息，关键数据分散在各个服务器中。
（2）篡改电子标签数据。如果巧妙地篡改电子标签的数据，可能造成非法物品或数据容易混入整体业务系统，最终破坏业务的运行。防止数据被篡改的主要方法有：（1）限制存储器的写入次数。如果标签在业务整体流程中数据不需要改变，就可以采用只读标签或一次性读写标签。切断了篡改数据的物理手段。（2）限制存储器的可写区域。提前把存储器的区域分割成可写区域和不可写区域，把关键数据（如标签ID）放进不可写区域，可以防止关键数据的篡改。（3）密码保护。预先设定密码来保护数据，每个标签的密码不一样，需要增加密码管理成本。（4）变更存储器区域读写属性。对关键数据区域或全体区域设置只读属性就可以防止篡改。四个措施可以根据成本要求单独使用，也可以复合使用。
（3）往电子标签植入病毒。电子标签由于存储量很小，且存储的是数据而不是执行代码、很难把病毒本身写进标签本体中，但是篡改存储器中的参数变量（比如数据长度等）扰乱系统处理的可能性大，如果在中间件、服务器软件方面进行严格的排错处理，可以保证系统的正常运行。目前还没有有关电子标签内植入病毒，引起系统崩溃的实际案例的报道，成品电子标签也没有防病毒的措施，但随着电子标签的大容量、高智能化的发展，今后需要研究病毒的寄生机制和防范措施。