3.标准不统一
目前主要有以下三个标准：国际标准、欧美的EPC标准和日本的UbiquitousID。其中由美国麻省理工学院MIT发起的Auto-IDCenter非盈利性组织在规范RFID应用方面所发挥的作用将越来越明显。Auto-IDCenter在对RFID理论、技术及应用研究的基础上，所作出的主要贡献如下：
①提出产品电子代码EPC（ElectronicProductCode）概念及其格式规划。为减化电子标签芯片功能设计，降低电子标签成本，扩大RFID应用领域奠定了基础。
②提出了实物互联网的概念及构架，为EPC进入互联网搭建了桥梁。
③建立了开放性的国际自动识别技术应用公用技术研究平台，为推动低成本的RFID标签和读写器的标准化研究开创了条件。
尽管如此，由于RFID缺乏统一技术标准，所以目前的技术还不能保证所有的标签和阅读器实现兼容。因此在希望应用RFID的仓库中，也许需要不止一种阅读器，以此来分别处理来自不同硬件商生产提供商的不同标签。
4.安全问题
由于RFID最终是要接到互联网上的，这就涉及到和信用卡一样的所谓安全保密问题。
5.隐私问题
RFID可以依靠标签进行追踪，一个人购买了酒以后，通过追踪酒瓶上的标签就可以了解到酒瓶拥有人的行踪以及生活习惯。
四、RFID技术运用的设想
由于RFID技术具有实时监控跟踪的功能，这在危险品管理方面可以大大地发挥其优势。比如在处于国家管制的枪支方面，可以采用RFID技术进行管理以防不法分子危害公共安全。在枪支制作过程中，可以在每支枪中加入RFID标签，相当于给每支枪一个身份证，从而可以对其进行监控跟踪。同样也可以把RFID标签植入有毒物品的包装内，尽量避免人员与其接触，通过计算机来了解它的状况，从而减少有毒物品对人体的危害。在图书管理方面RFID技术也是不错的选择。