一旦ATR过程结束，开始交易过程。不论是哪种特定的操作，交易都是由终端向智能卡发送指令，智能卡执行这些指令（并可将执行结果返回给终端）。卡的操作可以是简单地指定内存读操作，也可以是比较复杂的，如执行一次加密运算。不论是哪种，终端与卡之间的通信都按照应用协议数据单元（APDU）的格式进行。
终端发出的特殊指令信息（C-APDU）将从卡端产生一个相应的应答信息（R-APDU），这些信息称为APDU指令对。EMV规范对这两种指令格式进行了详细定义，由终端发送的指令基本结构必须包含4Byte的报头，随后是长度可选的数据部分，如图2（a）所示。报头的4个字节包括CLA、INS、P1和P2，它们规定了指令的类别，指令码及支持特定指令的参数。C-APDU报头后面跟随数据的字节数，由命令Lc指定，而终端希望智能卡应答信息的字节数由指令Le指定。
智能卡的应答信息（R-APDU）也由多个字节组成，如图2（b）所示，格式化成3段，分别是数据（主体）和代表指令处理状态的SW1、SW2（尾部）。正常完成指令时，智能卡返回SW1的值为0x90和SW2的值0x00，其它返回值表示运行错误或有提示信息产生1。
为了处理全部的终端交易，安全微控制器DS5002可以编程实现握手和数据传输协议。我们已经针对DS5002和DS8007（包含在DS8007评估板内）开发完成了一些例程，实现终端与IC卡的会话过程，包括上电、ATR、APDU和断电。如果将评估板连接到串口接收终端，评估板及其软件将以38400的波特率通过RS232串口传输数据。
关于该软件的详细说明已经超出本文范畴，但我们可以提供基于DS5002和接口芯片DS8007设计方案所能完成的基本智能卡接口的源代码，设计方案的电路如图3所示。软件可从目录下的an4029_sw.zip文件中获得。该文件包含全部的C代码（main.c，ds8007.c，LCD Funct.c）和产生HEX文件（DS8007.hex）所需的汇编源代码（Startup.a51）。这些代码用Keil PK51和mVision集成开发环境编译并链接。mVision项目文件（ds8007.Uv2）也在这个 .zip文件中可以找到。编译完后，.HEX文件被下载到DS8007评估板并运行。
为了测试例程，我们使用了一片ACS提供的基于微控制器的智能卡。这种卡可以执行内嵌的ACS智能卡操作系统版本1，或ACOS1。该卡具备如下特点：用来存放应用数据的8kB E2PROM、DES和MAC功能、基于随机数的过程密钥、相互认证的密钥对、持卡人可以更改的PIN码，符合ISO-7816-3，T=0协议。