覆盖膜要进行开窗口加工，但从冷藏库取出以后不能立即进行加工，特别当环境温度高而温差大的时候，表面会凝结水珠，当基底膜是聚酰亚胺时，短时间内也会吸潮，对后工序会产生影响。所以一般卷状覆盖膜都是密封在聚乙烯塑料袋中，从冷藏库中取出后不应马上打开密封袋，而应在袋中放数小时，当温度达到室温后，才可以从密封袋中把覆盖膜取出进行加工。
覆盖膜开窗口使用数控钻铣床或冲床，数控钻铣旋转速度不能太大，这样的运行费用高，大批量生产一般不采用这种方法。把带有离型纸的覆盖膜10～20张重叠在一起，用上下盖垫板固定后再进行加工。半固化的胶黏剂容易附着在钻头上，造成质量差。所以要对其进行比铜箔板钻孔时应更频繁地检验，并扫除钻孔时所产生的碎屑。用冲孔法加工覆盖膜的窗口时可用简易冲模，直径3mm以下的批量孔的加工使用冲模冲切。窗口的孔大时用冲模，中小批量的小孔用数控钻孔和冲模并用进行加工，覆盖膜的加工如图10-8所示。
把已开好窗口孔的覆盖膜去掉离型膜后，贴在已蚀刻好电路的基板上，叠层之前，要对线路表面进行清洗处理，以去除表面污染和氧化。表面清洗用化学方法。去掉离型膜后的覆盖膜上有许许多多各种形状的孔，完全成了没有骨架的薄膜，特别难于操作，就是利用定位孔要与线路上的位置重叠对好也不是件容易的事。目前大批量生产各厂还是依靠人工来进行对位叠层，操作人员首先把覆盖膜窗口孔与线路图形的连接盘和端子进行准确定位，确认后进行临时固定。实际上如果柔性印制板或覆盖膜任何一方尺寸发生变化，就无法准确定位。如果条件允许可以把覆盖膜分割成若干片后，再进行叠片定位。如果强制把覆盖膜拉长进行对位，会造成膜更加不平整，使尺寸发生更大的变化，这是使制板产生皱折的重要原因。
暂时固定覆盖膜可使用电烙铁或做简易压合，这是完全依靠人工进行操作的工序，为了提高生产效率，各厂都想了不少办法。
定好位的覆盖膜还要进行加热加压使胶黏剂完全固化与线路成为一体。这一工序的加热温度是160～200℃，时间为1．5～2h(一个循环时间)。为了提高生产效率有几种不同的方案，最常用的是用热压机。把临时固定好覆盖膜的印制板放入压机的热板之间，分段重叠，同时加热加压。加热方式有蒸汽、热媒体(油)、电加热等。蒸汽加热成本低，但温度基本上是160℃。电加热可以加热到300℃以上，但温度的分布不均匀。外部热源把硅油加热，以硅油为媒体方式进行加热可以达到200℃，而且温度分布均匀，最近使用这种加热方式的逐步多起来。考虑到使胶黏剂能充分填入到线路图形空隙采用真空压机是比较理想的，其设备价格高，压制周期稍长。但从合格率和生产效率方面来考虑还是合算的。引入真空压机的实例也在不断增加。