以目前市场上常用的Spasion公司的S29GL-P系列Nor Flash为例，通过FPGA实现的控制器外部接口如图3所示。
其中，start信号用于启动控制器模块对Flash器件实现读写操作，在启动之前，须先告知Flash配置文件大小和配置文件在Flash存储空间的首地址；data_req、data_in和rd_data_count信号用于与一前端FIFO实现数据交互，配置文件先缓存到FIFO中，然后由控制器负责取出并写入Flash器件；config_status信号用于指示程序更新是否完成。
该Flash控制器按时间上的先后顺序分别实现了对Flash器件的读ID、擦除和写缓冲操作，下面将分别进行简要叙述。
每次对Flash进行基本的读写操作之前，会对Flash芯片进行读ID操作以检验器件的好坏，读ID涉及的主要操作为向特定寄存器写入相应的解锁指令，然后再进行多操作读出相应的寄存器值，其时序图及读结果如图4所示。
确认了芯片ID无误，即可进行正确访问，首先对Flash芯片进行擦除操作。Flash芯片擦除可分为两种：整片擦除和扇区擦除。由于实际使用时并未用到整块Flash存储空间，而是根据配置文件的大小选择合适的扇区大小存储配置文件，所以设计中采用的是扇区擦除方式，时序如图5所示。
当成功写入擦除操作指令之后，芯片会进入一个较长的周期等待擦除操作的完成，该期间无法对芯片进行复位之外的其他操作。
完成了擦除操作之后，即可向Flash写入配置数据，其对应的写缓冲时序如图6所示。
擦除和读写的过程中，地址将进行自动累加且起始地址可变。Flash的写操作可为单字写和缓冲写两种，由于缓冲写最大一次可向Flash写入32个字，为了最大化写入速度，选择缓冲写方式；Flash的读操作分为单字读和按页读两种，由于Flash读数据速率较高且系统对读速率没有太高要求，本文选择单字读方式。