③在编程上FPGA比CPLD具有更大的灵活性。CPLD通过修改具有固定内连电路的逻辑功能来编程，FPGA主要通过改变内部连线的布线来编程；FPGA可在逻辑门下编程，而CPLD是在逻辑块下编程。④FPGA的集成度比CPLD高，具有更复杂的布线结构和逻辑实现。
⑤CPLD比FPGA使用起来更方便。CPLD的编程采用E2PROM或FASTFLASH技术，无需外部存储器芯片，使用简单。而FPGA的编程信息需存放在外部存储器上，使用方法复杂。⑥CPLD的速度比FPGA快，并且具有较大的时间可预测性。这是由于FPGA是门级编程，并且CLB之间采用分布式互联，而CPLD是逻辑块级编程，并且其逻辑块之间的互联是集总式的。
⑦ 在编程方式上，CPLD主要是基于E2PROM或FLASH存储器编程，编程次数可达1万次，优点是系统断电时编程信息也不丢失。CPLD又可分为在编程器上编程和在系统编程两类。FPGA大部分是基于SRAM编程，编程信息在系统断电时丢失，每次上电时，需从器件外部将编程数据重新写入SRAM中。其优点是可以编程任意次，可在工作中快速编程，从而实现板级和系统级的动态配置。
⑧CPLD保密性好，FPGA保密性差。⑨一般情况下，CPLD的功耗要比FPGA大，且集成度越高越明显。
随著复杂可编程逻辑器件(CPLD)密度的提高，数字器件设计人员在进行大型设计时，既灵活又容易，而且产品可以很快进入市场。许多设计人员已经感受到CPLD容易使用、时序可预测和速度高等优点，然而，在过去由于受到CPLD密度的限制，他们只好转向FPGA和ASIC。现在，设计人员可以体会到密度高达数十万门的CPLD所带来的好处。
CPLD结构在一个逻辑路径上采用1至16个乘积项，因而大型复杂设计的运行速度可以预测。因此，原有设计的运行可以预测，也很可靠，而且修改设计也很容易。CPLD在本质上很灵活、时序简单、路由性能极好，用户可以改变他们的设计同时保持引脚输出不变。与FPGA相比，CPLD的I/O更多，尺寸更小。
如今，通信系统使用很多标准，必须根据客户的需要配置设备以支持不同的标准。CPLD可让设备做出相应的调整以支持多种协议，并随著标准和协议的演变而改变功能。这为系统设计人员带来很大的方便，因为在标准尚未完全成熟之前他们就可以著手进行硬件设计，然后再修改代码以满足最终标准的要求。CPLD的速度和延迟特性比纯软件方案更好，它的NRE费用低於ASIC，更灵活，产品也可以更快入市。CPLD可编程方案的优点如下：
逻辑和存储器资源丰富(CypressDelta39K200的RAM超过480Kb)；带冗余路由资源的灵活时序模型；改变引脚输出很灵活；可以装在系统上后重新编程；I/O数目多；具有可保证性能的集成存储器控制逻辑；提供单片CPLD和可编程PHY方案。由于有这些优点，设计建模成本低，可在设计过程的任一阶段添加设计或改变引脚输出，可以很快上市。