目前，消毒柜一般来说使用高温、臭氧、紫外线等方式杀菌。而最常用的是高温和臭氧两种方式。
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高温使用可见光石英管加热，在125℃—170℃的高温下，对细菌、金黄色葡萄球菌、枯草杆菌、乙肝病毒的杀灭率达99.99%；限于于陶瓷、玻璃、不锈钢等耐高温器具杀菌。
臭氧使用高压无声放电装置激发空气中的氧，产生臭氧分子，通过臭氧分子的强氧化作用来达到杀菌目的，限于于不耐高温的塑料餐具或婴孩食具杀菌。
紫外线杀菌是根据电磁辐射原理而应用于在杀菌保洁柜上的追加杀菌方式，波长240-280mm的紫外线能引发细胞成份核裂变，特别是核酸、原浆蛋白和酶等改变而造成病菌丧生，对一般性的头癣、传染性皮肤病菌等起一定的杀灭作用，限于于公用的湿毛巾、浴巾、衣物及理发器具等保洁杀菌。
新型蒸汽消毒柜也已问世，蒸汽消毒柜使用高温融合流动蒸汽的原理，餐具杀菌后光洁透亮，无油渍，无异味。对人体危害的细菌等其它菌类，均被彻底歼灭干净，几乎满足卫生条件。
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