系统分为两种作业模式，一种是针对储运中心的出口集装箱加装RFID 电子标签进行实施，一种是直接在货主端的出口集装箱加装RFID电子标签进行实施，两种作业模式的集装箱，均由集装箱车将集装箱运送到S港口码头的集装箱场。以下分别依作业特性说明。
1．储运中心与货主端
储运中心的集装箱作业主要是货主将货物运送至储运中心，在出口货物经海关核准放行后，由储运中心进行货物装箱作业，并在完成装箱作业的集装箱上加装电子标签锁，并以手持终端机启动RFID 电子标签锁。
在货主端的作业模式是货主完成出口集装箱装箱作业后，在集装箱上加装RFID 电子标签并以手持终端机启动RFID电子标签，再由集装箱运输公司将集装箱运往码头集装箱场。待集装箱进入港口后，系统透过RFID读取器实时纪录集装箱到达的时间与集装箱的安全状态，并实时将信息传至TSS系统。
储运中心与货主除了以手持终端机启动RFID电子标签，将集装箱信息通过Wireless LAN 或GPRS 传输方式传送至TSS 系统外，同时，必须通过网络登录事先预设的账户，并在TSS 系统上维护测试集装箱的舱单资料。
2． 集装箱装船港
集装箱进场信息经过码头集装箱场的港口管理系统确认后，集装箱场的集装箱监控作业就开始由RFID 监控读取器进行全程监控。当集装箱开始装船作业时，架设在船边的桥式起重机上的RFID读取器记载集装箱装船作业的时间，同时确认该集装箱的安全状态，确保装上船的集装箱为“Secured”状态，之后集装箱船即经由海运路线前往国外某港。
3．集装箱卸船港
集装箱船进港停靠码头后，经由卸货用桥式起重机将集装箱调至集装箱场后，由当地的安全作业人员，以手持终端机，取得集装箱到港的信息，再由安全作业人员以手持终端机解除RFID电子标签的功能，最后用工具将RFID电子标签自集装箱剪下。