太阳能热水器的缺点
1、实用性差
如果较长时间的阴雨天气，太阳能热水器就无法制备热水，十分困难。太阳能热水器无法用太阳能热水器加热水温的时候，则必须电加热方式，电加热方式电费会高很多，跟它的节约能源理念又有所冲突。
2、成本很高
目前太阳能利用的持续发展水平，有些方面在理论上是可行的，技术上也是成熟的。但有的太阳能利用装置，因为效率偏高，成本很高，总的来说，经济性还无法与常规能源相市场竞争。在将来非常一段时期内，太阳能利用的更进一步持续发展，主要受到经济性的制约。
3、效率较高
必须一整天的日照才能把水温提升，即使天气好也只能确保晚间有热水，白天或者是夜晚则难以确保。
4、安装繁复
如安装失当，会负面影响住房的外观、质量及城市的市容市貌;维护较困难，因太阳能热水器安装在户外，大多在楼顶、房顶，因此相对于电热水器和燃气热水器较为难维护。
5、浪费水源
因为太阳能安装在楼顶，所以热水管路长达十几米，每次在使用中会导致比平常用其它电子设备浪费更好的水资源。
6、外观很差
今天都注重着建筑的美观，如果是高档小区或者别墅楼顶安装这样一个热水器，轻便而巨大，也更容易损毁屋顶防水层。
7、易受雷击
若太阳能热水器安装在低处，必需确保其处在避雷针的保护范围内，或给太阳能热水器安装避雷设施，防止雷击事故。
8、舒适性差
必须一整天的日照才能把水晒热，天气好的时候也只能确保晚间有热水，白天和夜晚极少有热水可用，无法确保使用者24小时热水供给。
壁挂太阳能热水器的缺点
1、价格高，安装成本高，目前普通100升大约的价格在4千—5千元大约不等。
2、水箱较为的小，如果是一个人用可以用太阳能的热水，如果一家人的话那么只能用电加热了，水箱都在120升以下。
3、地区容许较为的强，一般在南方还较为的实用而在北方的话基本上是有如鸡肋。
4、如果天气太冷要定时补充或者替换防冻液，提高了售后成本。
5、安装繁复，不过这个一般都是工人在安装。
6、太阳能热水的功能实用效率不是极高。
阳台式太阳能热水器的缺点
1、加防冻液困难
一般阳台式太阳能使用间接换热方式，这样可以避免在严寒地区管路结冰无法工作的问题，也可以解决问题直接循环集热器里更容易结水垢的问题。但是一般的产品加介质必需要专用充液泵，而且手续困难，也简便直接放入方法的，不过无法掌控防冻液量的多少，而且集热器和管路里的空气也无法排除，造成循环效率低落或无法工作。其后维护、补液一般操作都需专用人员来已完成，导致售后服务费烦，大大增加销售商的工作压力，用户也不明白什么时候必须补液，给用户带给很多疑惑。
2、安装位置受局限
今天市场上的太阳能热水器一般产用大自然循环，大自然循环使用虹吸热水与冷水的比重原理所以水箱必需略高于50kg以上，如果集热器安装在阳台栏杆上，那么水箱必需高挂在墙壁。大容量的就不了挂在墙壁，浪费阳台空间，也负面影响美观。再再加集热器与水箱相连管细阻力大，高低高差小等原因，所以造成换热较慢、效率低落。
由于大自然循环太阳能管路细循环阻力大，，也使得冷热互相交换速度较慢，再再加管路安装条件严苛，水箱底部必需略高于集热器，所以水箱必需搞在墙壁，所以使得房产商对阳台太阳能外观不令人满意，造成推展受阻，安装好的也只是应对一下节约能源验收。
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