其实好多学机电一体化的人都有这种感觉，我本人学的是材料成型及控制工程专业，不是机电一体化，但同是机械行业，而且从毕业到现在都从事的是机械方面的设计工作，大学时期也跟机电一体化的专业一起上过课，就我工作后的一些实际经验来简单回答下这个问题。
虽然是开设的是机电一体化专业，但是从学校出来之后大多数人对于机械和电子都是半桶水，至少我身边的同学是这样的感觉，不知道题主感觉如何？从你的实际情况来分析下你的情况，毕业两年在合资厂做基层工作，也不知道你的主要工作内容是干啥的，是关于机械的还是电子方面的。机电一体化专业发展方向在实际工作中其实一个是机械工程师或者说非标设计自动化之类的，另一个就是电气工程师，每个公司这两岗位基本上就是分开的，是相互合作的，当然这个专业涉及的范围很广，这两个职业只是其中的两个方向，也是我所接触到的待遇比较好的。
再来看下你的个人发展方向，这个问题最好是结合你自己的实际情况，就这个专业来说，我认为你首先应该对自己有个清楚的认识，你的优势是机械方面的还是电子方面的，假如你的优势在机械，可以将主要精力放在机械上面，电子只是作为你机械的辅助，慢慢往机械设计或非标自动化设计方向发展，走设计路线，能够自学考上本科学习能力肯定不是问题。
最后说下转行的问题，我身边也有很多同学都从机械转行其他行业，但是话又说回来哪个行业是那么容易干的，每个行业都是“城内的人想出去，城外的人想进来”，在你没有特别感兴趣的行业之前，建议慎重考虑。